Das Museum Mödlareuth versteht sich als Museumsprojekt zur Geschichte der deutschen Teilung. Nach der Museumsgründung 1990 zeigte sich sehr bald die Notwendigkeit, das Gesamtprojekt »Museum Mödlareuth« aus finanziellen und zeitlichen Erwägungen heraus in überschau- und realisierbare Projekteinheiten aufzugliedern, die aufeinander abgestimmt Bausteine auf dem Weg zum Gesamtprojekt darstellten.

Dementsprechend wurde zeitgleich mit der Errichtung eines Freigeländes von 1991 bis 1994, mit dem Aufbau einer »musealen Infrastruktur« in Form von Verwaltung, Archiv, Bibliothek und Depots begonnen.

Die Erweiterung der bestehenden Depotbereiche erfolgte in den Jahren 1997/98 durch den Neubau eines Kfz-Depots.

In den Jahren 1999 bis 2003 wurden durch Umbau- und Sanierungsmaßnahmen zwei Film- und Vortragsräume, ein Ausstellungsraum sowie eine Infotheke und ein Museumsshop geschaffen.

Mit einem Architektenwettbewerb zum Bau eines neuen Hauptgebäudes und Umgestaltung des Außengeländes startete im Jahr die Museumserweiterung. Zuerst wurde der Außenbereich umgestaltet, mit neuen Infotafeln und barrierefreien Besucherwegen ausgestattet. Im Mai 2023 fand die feierliche Grundsteinlegung statt. Am 9. November 2025 wurde das neue Gebäude eröffnet.